Ce vaste territoire occupe des plateaux calcaires du jurassique supérieur qui s’étendent de la Charité-sur-Loire à Montigny-sur-Aube. Ils sont entaillés par de nombreuses vallées comme celle de l’Yonne, de l’Armançon ou du Nohain. Cette région est divisée en 5 petites régions naturelles, le Donziais-Forterre, les vallées de l’Yonne et de la Cure, le Chablisien, le Tonnerrois et le Barséquanais. L’altitude de cette entité est comprise entre 160 et 350 mètres. Le paysage dominé par des plateaux cultivés alterne avec des massifs boisés. Les versants portent la trace d’activités viticole et de pâturage passées qui perdurent localement. La nature calcaire du sol en fait une des régions les moins pourvues en milieux aquatiques mis à part les grandes rivières qui la sillonnent. Quelques petites zones humides et marais apparaissent ponctuellement dans les fonds de vallées.