Ce territoire à cheval sur trois départements occupe les plateaux calcaires du jurassique qui s’étendent de Nevers à Châtillon-sur-Seine. De nombreuses vallées sillonnent ces plateaux, comme la vallée de la Cure, de la Nièvre ou de la Seine. Le plateau de Bourgogne est divisé en six petites régions naturelles, les vaux de Nevers, le plateau nivernais, les Amognes, les plateaux du Vézelien et du Beuvron, le plateau avallonnais et le plateau châtillonnais. Contrairement aux plateaux de basse Bourgogne, les plateaux de Bourgogne sont recouverts d’une couche d’argiles à chailles permettant à des plans d’eau stagnants et des mares de s’installer de manière localisée. Le paysage y est drainé par de nombreux cours d’eau de calibres différents, grandes rivières dans les vallées et petits chevelus sur les versants. Ces derniers ont tendance à s’assécher en période estivale.